Kolon hastalıkların fleksible endoskoplar kullanarak tanısı ve endikasyonu olan olgularda sağaltım ve biyopsi alınması için kullanılan endoskopik muayene yöntemidir.
Kolonoskopi anüse uzak olan kanamalı lezyon veya kitlelerin tanısında da oldukça yararlıdır. İleokolik kavşakta yer alan kitle ve tıkanıklıkların tanısı açısından ultrasonografi yarar sağlasa da endoskopik yaklaşım, lezyonun direkt görülmesi açısından önemli bir avantaj sağlamaktadır. Kolonoskopi, kronik kalın barsak diyarelerinin, fekal tenesmus ve hematoektazinin incelenmesinde kullanılır.  Fiberoptik endoskop, kalın barsağın ve sekumun tamamının incelenmesine olanak sağlar.