Mide ve duodenum da şekillenen hastalıkların fleksible endoskoplar ile muayene tekniğidir. Mide ve duodenum da şekillenen bütün lezyonlar rutin radyografik, ultrasonografik ve laboratuvar incelemeleri ile değerlendirilemez. Çünkü mide ve duodenum lezyonlarının büyük bir kısmı mukozal yüzey ile ilişkilidir ve en iyi şekilde flexible endoskopi sistemleri ile değerlendirilir. Gastroduodenoskopi, sadece mide ve duodenumun mukozal düzensizliklerinin gözlenmesinde, sitolojik örneklerin ve içerik örneklerinin toplanmasında değil, bölgede şekillenen anatomik bozuklukların gözlenmesinde de oldukça değerli bir tanı yöntemidir. Uygulama, minimal invazivdir ve deneyimli bir el ile çok kısa sürede üst gastrointestinal kanalın mukozal yüzeylerinin değerlendirilmesi ve biyopsi örneklerinin toplanması yapılmaktadır. Gastroduodenoskopi; bulantı, disfaji, kusma, regurgitasyon, diyare, kilo kaybı, hematomesis, melena, anoreksi gibi klinik belirtilere sahip hayvanlarda uygulanır. Gastrointestinal endoskopi endikasyonu gösteren diğer durumlar ise mide yer alan yabancı cisimlerin çıkartılması, gıda intoleransı olan hastalarda gastroskopik gıda testleri ve beslenme tüplerinin yerleştirilmesidir.
